Pasek boczny po prawej stronie

Na północy rzeka Harlem oddziela wyspę Manhattan od Bronxu i kontynentalnej części Stanów Zjednoczonych. Kilka małych wysp jest również częścią dzielnicy Manhattan, w tym Randall’s Island, Wards Island i Roosevelt Island na East River oraz Governors Island i Liberty Island na południu w New York Harbor. Wyspa Manhattan ma 22,7 mil kwadratowych (59 km2) powierzchni, 13,4 mil (21,6 km) długości i 2,3 mil (3,7 km) szerokości w najszerszym miejscu (w pobliżu 14th Street).

Manhattan jest luźno podzielony na Downtown (Dolny Manhattan), Midtown (Środkowy Manhattan) i Uptown (Górny Manhattan), z Piątą Aleją dzielącą wschodnią i zachodnią stronę Manhattanu. Wyspa Manhattan jest ograniczona przez rzekę Hudson na zachodzie i East River na wschodzie.

Podłoże skalne Manhattanu to łupek mikowy znany jako łupek manhattański. Jest to mocna, kompetentna skała metamorficzna powstała podczas formowania się Pangaea. Dobrze nadaje się na fundamenty wysokich budynków, a dwa duże skupiska drapaczy chmur na wyspie znajdują się w miejscach, w których formacja znajduje się blisko powierzchni. W Central Parku występują wychodnie Manhattan Schist, a Rat Rock jest jednym z dość dużych przykładów.